自然指數(Nature Index)于2014年11月首次發布，是依托于全球頂級期刊(《自然》系列、《科學》《細胞》等82種自然科學類期刊)，統計各高校、科研院所(國家)在國際上最具影響力的研究型學術期刊上發表論文數量的數據庫。運用這個數據庫，可以根據各機構的論文發表數量及類別來進行排名和期刊索引。目前，自然指數已發展成為國際公認的能夠衡量機構、國家和地區在自然科學領域的高質量研究產出與合作情況的重要指標，在全球范圍內有較大影響力。

　　中國內地高校中，排名前10的有中國科學院大學、中國科學技術大學、北京大學、南京大學、清華大學、浙江大學、復旦大學、上海交通大學、中山大學、南開大學。以上10所高校加上四川大學、武漢大學、南方科技大學、蘇州大學進入全球學術機構排名前50。

　　作為新晉“雙一流”高校，南方科技大學、上海科技大學表現亮眼，分別位列中國內地高校第13和第44名。“雙非”高校中，深圳大學、山東師范大學、南京工業大學、浙江工業大學、揚州大學同樣位居前列、表現優異。

　　最新自然指數排名中國內地高校排名情況如下：